Sí, es mucha la diferencia en cuanto a cantidad de datos por segundo transmitidos.
Tu Mother soporta IDE o ATA, tiene un puerto que puede ser doble con su respectivo cable IDE de dos terminales.
Además tienes 4 SATA's, en realidad te soporta el SATAII que es el doble de datos por segundo transmitidos qeu el SATA normal.
TolaWare, te faltó mencionar los SAS

(SerialAta SCSII) Los ATA son los IDE