problemas de seguridad - php.ini

[saiduks]

Hola gente, queria hacer una consulta. Tengo a mi cargo (y desde hace poco mas de 20 día ya) la labor de mantener un servidor que posee varios sitios web y plataformas, almacanamiento de datos y servidor de correo.

Por motivos del correcto funcionamiento del varios sitios, que necesitan poseer el php.ini la variable register_globals=on, esta se encuentra en on dentro del servidor. Por éste motivo, el servido fue víctima de un ataque y lo sigue hasta el día de hoy. Por algún motivo que desconzco todavia, una de las plataformas, el Moodle, siempre es víctima de ello, y ahi empieza. Parece que un gusano usa el servidor como servidor de correo spam. Por cierto como puedo llegar a solucinar algo asi, sin tener que formatear.

La consulta sería, si puedo hacer algún script o bien configurar un php.ini por sitio, sin que me afecte el funcionamiento del mismo. O bien que me recomendarían que hiciese.

El servidor posee instalado es un ubuntu 7.1, con php5, mysql 5 y apache2

Saludos, y desde ya muchas gracias