Hola Fabian olmos,
Prueba esto:
Código PHP:
<button onclick="detail('<?php echo $ci; ?>','<?php echo $aux; ?>','<?php echo @base64_encode('atletas.php'); ?>');" class="button" >EDITAR</button>
Si lo quieres poner dentro de una variable entonces tiene que ser así:
Código PHP:
$archivo = @base64_encode('atletas.php');
$var = "<button onclick=\"detail('$ci','$aux','$archivo');\" class=\"button\" >EDITAR</button>";
Saludos,