¿Te refieres a ejecutar un JavaScript? ¿O una JSP en el servidor?
De todas formas, se pueden configurar Apache y Tomcat para que las peticiones vayan solo al Apache y este decida que le pasa a Tomcat y que no hace falta pasarle. Así desde fuera parece que solo hay un servidor. Así se facilita tambien que no haya dos juegos de URLs (con puerto y sin) etc. etc.
S!