Ok, esto ya funciona. Me curré una especie de Debugger (alert por todos lados, como se hizo toda la vida) y el problema no estaba ahi, era cosa del DOM y XML. Estaba tan seguro de que era culpa de SetTimeOut porque fue lo único que añadí desde la última vez que lo había probado mi amigo.
www.danielr.es/konkeror2 (el diseño es penoso, aún no me he puesto con CSS, pero me he currado una mini-librería de AJAX y manejo de XML ya). Espero hacer avances pronto y mantenerlo compatible con todos los navegadores.
Muchas gracias, y perdonad por la pérdida de tiempo, ya que al final el error era otro xD.
Saludos.