Pues yo lo he probado y me funciona tu códido, tanto en Explorer como en Firefox.
Lo único que he cambiado ha sido lo siguiente:
<script type="text/javascript">, aunque creo que con <script> también debería funcionar.
Código:
<html>
<head>
<script type="text/javascript">
function alertaChecked()
{
alert(document.login.check_pdf.checked);
}
</script>
</head>
<body>
<div id="form_fuentes_locales">
<form name="login" action="" method="post">
<div class="checkPDF">
<input class="checkbox_pdf" name="check_pdf" type="checkbox" value="1" onclick="alertaChecked()" />
</div>
</form>
</div>
</body>
</html>