mm trata de pones todos en el name="matricula[]" pero en el id pon algo distinto para acada uno
dices que eso lo haces con php bueno agregales un prefijo que los diferencie
name='matricula[]' id='matriculaA'
name='matricula[]' id='matriculB'
.
.
.
y en script
Código:
for(var y = 0;y < document.forms.formulario.matricula.length;y++)
{
if(document.formulario.matricula[y].value=="")
{
alert('Error campo vacio: [ " Se requiere una descripción " ]');
document.formulario.matricula[y].focus();
return(false)
}
}
saludos