EIVAJ .. tampoco es para q te alteres ...
Que tal si te miras como es la técnica para desarrollar "Themes" .. igual por ahi sacas donde se incrusta el logo q ahora será un <img scr="logo.tal"> .. y deberas cambiarlo por el <objet .. > de Flash + la llamada a tu .swf q uses ...
Y usa google .. q para eso está: (flash+theme+nuke) .. en la primera página de resultados sale esto:
Un sitio con themes en flash para PHP-nuke ..
http://www.flashthemes.com/phpnuke/
Un saludo,