Pues lo mejor es que entres en la web oficial de mootools
www.mootols.net
Ahí puedes descargar la librería (
download) Luego solo es incluir en la cabecera de tus páginas html lo siguiente
<script src="mootols.js" type="text/javascript"></script>
y empezar a usar los métodos y efectos de mootools.
Tiene una muy buena documentación con toda la API, ejemplos, código... (
documentación)