Estaba buscando en google alguna página que me ayudasen a resolver el problema (por si ya lo había tenido alguien antes) y cuál es mi sorpresa cuando me encuentro que aquí ya ha ocurrido xDDDD
Pues eso, que me pasé hace poco al After Effects CS3 (antes usaba el 7) y ahora que estaba haciendo un proyecto quise precomponer las capas del mismo, y me doy cuenta de que me pasa lo mismo que a vosotros, cuando elijo la segunda opción, la primera queda en su sitio y si le doy a aceptar, lo hace como si hubiese elegido la primera opción. Lo he probado varias veces, he reiniciado el ordenador, he sonreído con una amable cara al ordenador, para establecer buenas ondas, y nada, ¡qué no puedo precomponer moviendo los atributos a la nueva composición!
¿Alguna ayudita o idea que no esté escrita aquí antes? Si no, seguiré probando y probando hasta que mi querido AE quiera...
PD: ¿El problema puede estar relacionado con tener instalados dos After Effects en el ordenador? (En mi caso AE7 y AECS3)