Hola
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La instrucción include solo ejecuta archivos PHP, si lo que quieres es ejecutar un archivo CGI, debes de usar
fopen,
fsockopen o
file.
Aunque a mi parecer tienes que llamarlo como si se ejecutara desde vía web, por lo que si tienes desactivada la directiva allow_furl_open no te servirá usar ninguna de las opciones más que fsockopen o usar cURL.
Saludos.