Pudieras simplicar un poco tu codigo así:
Código:
for(i=0;i<=m-n;i++)
for(j=0;j<=m-n;j++)
{
flag=1;
for(count=0;(count<n)&&flag;count++)
for(count1=0;(count1<n)&&flag;count1++)
{
if(big[i+count][j+count1]!=smal[count][count1])
flag=0;
}
if(flag)
conta++;
}
De ahí en fuera no le veo algo mal, que es lo que hace o deja de hacer???