Hola carles25,
Te recomiendo mejor leer el archivo con la instrucción file(), posteriormente ciclas por todas las filas y si comienza con # la ignoras:
Código PHP:
$archivo = "config.txt";
foreach( file( $archivo ) as $linea ) {
if( substr( $linea, 0, 1 ) == "#" ) { // es un comment "brincalo"
continue;
}
// procesas en $linea lo que quieras
}
Saludos.