mm .. suponiendo que lees los archivos del directorio con un readdir() en un bucle comun (While ...) Usa una variable contador tal q:
Código PHP:
<?
$total=0;
$handle=opendir($sPath);
while ($file = readdir($handle)){
$total++;
}
echo "Total: ".$total;
?>
Eso es simple .. pero te contará tambien los directorios y los "." y ".." .. deberas filtrarlo a tu parecer para contar solo ficheros y/o directorios excepto "." y ".."
Pasate por el manual de PHP y veras ejemplos de filtrado de esos caracteres y otros (leete los comentarios de los usuarios):
http://us.php.net/manual/en/function.readdir.php
Un saludo,