Error 500 miles de registros consulta

[Deneb]

Pues sí, lo primero es averiguar si el problema es de SQL o de programación web. Prueba por separado ambas cosas, la consulta SQL en el administrador de BD y el script en el servidor web. Para probar el script se me ocurre que puedes probar con distintas consultas para que te devuelva menos registros y ver si realmente falla por la cantidad de datos que devuelve o porque hay un error de código. Ponle filtros a la consulta para limitar la búsqueda y ver que y como te lo devuelve.

Doy por supuesto que no estás intentando mostrar los mil registros por pantalla, porque ahí el que se te puede quedar loco es el navegador, no el servidor.