Preguntalo en aplicaciones pre programadas, pero la respuesta es, si tenes esto como tu primer joomla
http://localhost/joomla1/ deber de hacer
http://localhost/joomla2/ con su respectiva base de datos y pass, el user siempre sera root
Si tu pregunta era si podias tener 2 aplicaciones joomla o la que fuere en tu localhost, esa es las respuesta.
Siempre lo laburas con phpmyadmin.
Saludos!