El problema puede estar en el tipo de animacion que estas utilizando.... Si usas graficos pesados, efectos alpha en exceso, demasiados tweens simultaneos, etc... puedes ocasionar que el reproductor se atrase a la hora de reproducir tu .swf, sobretodo en maquinas lentas...
cosa que no pasa con el sonido ya que este se reproducira normalmente, mientras que tus graficos se atrasaran.
Creo que deberias tratar de optimizar tu animacion y ver si estas consumiendo muchos recursos... Optimizacion!!
puede ser la clave.
Salu2.