hola shaka16, te comento que yo cuando subo archivos a la aplicacion no las subo a la bd, porque sino esta se puede volver extremadamente pesada, lo que haces es que colocas una ruta en la cual se debe almacenar todos los archivos dentro de esa aplicacion.
La libreria que te permite realizar esto es upload bean, su pagina oficial es:
http://www.javazoom.net/jzservlets/u...ploadbean.html, alli hay bastante documentacion, si aun tienes problemas avisanos