como dije no necesitas subirlo al servidor puesto que se crea automaticamente en el server ahora si lo quieres guardar en otra ruta... ademas guardar el nombre en base de datos para descargar despues es solo cosa de que en el fopen le des la ruta que deseas podrias hacer
Código PHP:
<?php
$archivo= "miarchivo.txt"; // el nombre de tu archivo
$ruta = "administrador/carpeta2/carpetafin/$archivo"; //ruta donde guardaremos el archivo
/*como ves le pongo una ruta larga y ademas le incluyo el archivo */
$valor= $_POST['valor']; // valores pueden ser de base de datos...
$crea= fopen($ruta, "w"); // abrimos el archivo como escritura
/*como ves ahora le mando $ruta en ves de archivo que incluye la ruta completa y el archivo*/
fwrite($crea, $valor); // guardamos el valor
fclose($crea); // Cerramos el archivo.
/*
al estar listos con el punto 1 deceamos guardar en base de datos el archivo pues es solo cosa de hacer un insert into con $archivo
("INSERT INTO tabla (archivo) Values ('$archivo')"); por decir algo espero se entienda eso si debe ser esto al final del fclose para que tome solo 1 ves el valor que es lo que queremos saludos */
?>