Gracias por responder, pero lo hice asi por que mi servidor web esta en windows (por ahora) , no se que paso, por que no me funcionaba bien en local, sencillamente en firefox parecía que no funcionaba como debería el for aunque en explorer si copiaba el archivo temporal y lo subia bien al ftp remoto, pero ahora que lo he subido al server (con linux) ya no me da problemas.
Estoy tratando de ver alguna diferencia entre los códigos y lo único en que difiere es en las rutas, puesto que para probar en local cree una carpeta de pruebas, lo raro es que ya me lo hace también ahora correctamente en las pruebas locales con el Internet explorer y firefox.
Estoy pensando que tal vez sea cosa del arreglo
$_FILESque guarde algún dato en cache o algo de ese tipo
