Holas, yo en lo personal me iria por el Q6600, por que los Core 2 dependen mucho del Cache L2. Y el Q9300 le saca una diferencia de entre 5 y 10 % solo por el FSB y los 100 MHz mas. (No pusiste la velocidad del Q9300, que es de 2.5 GHz)
Y por lo menos aqui el Q9300 vale mucho mas caro que el q6600 ($140.000 vs $190.000).
Asi que aqui en Chilito sale mas conveniente el Q6600 que el Q9300, pero en tu caso mejor conviene mas el Q9300 por que solo son U$16 de diferencia.
Salu1+1