Por eso te decía que vieras la info, prueba asi:
Código PHP:
SELECT Dem.poblacion, Dem.codest, Dem.codmun, Nac.total_nac, Dem.anno
FROM mysql.demografia Dem RIGHT JOIN pg.nacimientos Nac
ON Dem.codest = Nac.codest AND Dem.codmun = Nac.codmun
WHERE Dem.anno = '2000'
O en su caso sustituye RIGHT por LEFT