Tu proyecto esta muy interezante y complejo quisas. bien para programar web para moviles es bueno que aprendas un poco sobre moviles y redes con J2ME aki te dejo un link
http://www.it.uc3m.es/celeste/docenc.../PracticaHTTP/ http://leo.ugr.es/J2ME/INTRO/intro_16.htm
lo del menajo del puerto serial creo que ya se ha expuesto en este foro pero por si no es asi te dejo un link
http://www.itapizaco.edu.mx/paginas/...9/cap19-2.html
la verdad nunca he conectado un MC con un programa java y que el java lo manipule siempre programé directo en el MC para ser exacto un PIC 16F877. pero me imagino que debe aver alguna forma ahi creo que depende de tu micro y pro supuesto cada cosas con su cosa lo que prográmes en java le enviara impulsos a tu micro y ya desde la programacion de tu micro debes hacer que trate esas señales.