Haber varias preguntas: ¿se ha migrado de windows 2000 a w2003 el servidor de dominio? ¿Tienes un unico dominio o tienes un bosque de dominios? ¿Tienes configurado algun site?.
Sobre la zona _msdcs, ahí va un poco de información del blog de
Edgard Hersen.
Cita: Cuando se crea el dominio de raíz DNS de un bosque de Active Directory nuevo en un controlador de dominio basado en Windows Server 2003, se crea dos zona DNS automáticamente. Se crea una zona para el dominio de raíz de bosque; esta zona se replica entre todos los controladores de aquel dominio. Se crea la otra zona para el subdominio NombreDeBosque _msdcs.; esta zona se almacena en la partición de todo bosque de directorio de aplicaciones DNS. Esta partición se replica en todos los controladores de dominio basado en Windows Server 2003 del bosque que ejecutan el servicio de Servidor DNS Windows Server 2003. Cuando estas zonas son eliminadas, se restauran de la siguiente manera:
1. Crear la zona primaria _msdcs.NombreDeDominio
2. detener los servicios "DNS Server" y "Net Logon"
3. Renombrar los archivos "netlogon.dns" y "netlogon.dnb", estan ubicados en c:\Windows\System32\Config
4. Inicia los servicios "DNS Server" y "Net Logon"
Ya con los 4 pasos anteriores se restaura los subdominios de la zona primaria _msdcs.NombreDeDominio.