Si, ...
Se trata de "pasar" tus descargas por un script.php q será el que contabilice la descarga y envie el fichero al navegador ...
Código PHP:
<?
$id_descargar=$_GET['id'];
// contar descarga segun ID de descarga ... por ejemplo usando
//Mysql como base de datos
//se trataria de hacer un UPDATE .. WHERE ID=$id_descargar ....
//de campo "descargas" ...
// entrega el fichero al navegador ... con un simple:
// header("location: fichero_nombre"); .. sobraria pero mejor
//seria usando cabeceras HTTP adecuadas
//y leyendo el fichero del sistema de archivos
//para entregarlo al navegador como un "attachment" ...
//(adjunto .. a descargar).
?>
Y para inicar la descarga .. formar links tipo:
descargar.php?id=1
Si quieres algun sistema de estos ya implementado .. ya sabes:
Hotscripts -> sección Downloads systems
Un saludo,