Hola! Gracias JavierB, he encontrado el problema, tenia que cerrar el tag script al viejo modo:
Código HTML:
<script type="text/javascript" src="lib/isiAJAX-original.js"></script>
Asi, internet explorer funciona correctamente, o al menos me muestra el sitio (a su modo), el archivo javascript es una libreria ajax muy recomendable de facil utilización. Bueno, nuevamente gracias por tu respuesta!