Hola, segun tengo entendido:
Punto Numero 1:
Puedes usar Adobe After Effects, pero el mismo flash te puede servir. Si creas un dibujo bastante parecido a la realidad puedes confundir al espectador, creyendo que es un dibujo real cuando es una animación, es cuestion de tener la intuicion para hacerlo.
Punto Numero 2:
No hay que desmeritar el flash, el problema no es el programa sino el saber animar, te regalo un libro gratuito para que te ayude un poco en la búsqueda de información sobre dibujo y animación. (esta en ingles).
http://rapidshare.com/files/88696641...s_included.rar Punto Numero 3
Me parece que el Adobe After Effects tiene la opción de exportarla a flash...pero igual el secreto está en la técnica.
Si aprendes a hacer animaciones muy buenas como las del video ganarás mucho dinero.