Se supone que After no es un editor por excelencia, pero incorpora quizá algo más que los editores, solo hay que saberlo manejar... Sobre todo los cortes, AE n tiene una herramienta de navaja, pero...

Si colocas el indicador de tiempo donde queiras hacer el corte, y presionas Ctrl+Shift+D cortarás en una capa antes del indicador de tiempo y en otra lo posterior a ella, solo eliminas la capa que quieras y listo, por lo demás, efectos de audio, ganancia, manejo de la imagen, transiciones, sí, puedes trabajarlos sin problmeas...