Yo también recomiendo el uso de ILMerge.
Revisa
http://coolthingoftheday.blogspot.co...ssemblies.html
Y este es un ejemplo de como usar esta applicación:
C:\ILMerge /target:winexe /out:MiNuevoEjecutable.exe Program.exe ClassLibrary1.dll ClassLibrary2.dll ClassLibraryN.dll