Una plantilla html, que se va cargando mediante php según las variables que manda el usuario dependiendo del lugar de navegación y opciones, y generalmente trucos en el .htaccess para mejorar la representación de las urls en el navegador.
Ese es el sistema mayoritario que se utiliza, incluso en foros como vbulletin o phpbb, o portales como el phpnuke y derivados.
Después, hay diversas maneras de hacerlo, pero todo el mundo acaba con cosas parecidas.
El siguiente paso es montar una base de datos y manejar el contenido con php y a través de ella, con lo que se dejan de tocar los html...
Es bastante dificil explicarlo más detenidamente así en una respuesta... Lo mejor son tutoriales, pues ver en las páginas esto es imposible, ya que el php realiza una salida al navegador completamente en html.
PD: Ya no se usan frames, sino DIVs contenedores posicionados.
Suerte!
---------------------------
Si te ayudó, pincha el Karma
Un Saludo!