La verdad es que html y los archivos swf son diferentes y creo que no deberíamos hablar de conflictos en este caso. De lo que te deberías preocuparte en este caso es del html/javascript el cual hace que el swf se visualice bien en todos los browsers. El codigo que genera DWCS3 es mucho mejor que el de DWMX, pero para eso te recomiendo que uses
SWFObject