Solo puedes acceder a ellos linkándolos desde una página (esta página evidentemente está dentro del root), ya que no son accesibles vía http (esto solo está reservado a los archivos que hay dentro del root).
Ejemplo de carpetas:
<root>
<descargas>
Ahora imagina que desde el index.asp que cuelga directamente del root, quieres descargar un fichero que hay en <descargas>. Pues simplemente montas un enlace del tipo:
<a href="../descargas/archivo.zip">descargar fichero</a>
Si tipeas en la barra de direcciones algo como esto:
http://www.tuweb.com/descargas/archivo.zip daría error, porque no se econtraría el documento, ya que tuweb.com apunta al root, y dentro del root no hay una carpeta llamada descargas, sino que está fuera, a su mismo nivel (habrá que darle permisos a esa carpeta, si deseas subir ficheros, si deseas permitir la descarga, y demás).
Salu2