Cuando cambies de página, siempre va a recargarse la página, de modo que lo único que puedes hacer para "mover" al usuario de posición es lo que has usado con alcajes.
Tambien podrías usar javascript para mover la página, pero teniendo en cuenta que javascript son rutinas cliente que se cargan y ejecutan al terminar de cargar la página, tendrias los mismos inconvenientes que ahora.
La pregunta más sencilla que me viene a la cabeza, es ¿si no quieres mostrar la cabecera u otra parte de la página, has pensado en no incluirla en el (x)html?
También es posible realizar un sistema sencillo en php o similar, donde se indique que para ciertas páginas no se incluyan ciertos elementos de la página.
Ese sistema lo usaron algunas páginas de servicios gratuitos de hosting en el cual les incluian publicidad en la parte superior de sus sitios. De todas formas este sistema, al mismo tiempo que aquellos javascript que posicionan la página al cargarse, incumple las normas de esos servicios de hosting.
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