Hola Leo:
¿Qué es lo que falla?... la instrucción window.open funciona tanto en explorer como en cualquier otro navegador, y no da problemas... de todos modos deberías colocar solo el código del navegador y evitar las instrucciones php (no todos lo comprendemos...)
Tal vez, al tratarse de un script sea mejor asociarlo a un evento (onclick) que al href de un enlace, aunque eso no debería dar problemas en explorer.
Saludos
