primer paso es q le des una vuelta a esto
<asp:ScriptManager ID="ScriptManager1" runat="server" EnablePartialRendering="true">
<Scripts>
<asp:ScriptReference Path="rutadetucodigo" />
</Scripts>
</asp:ScriptManager>
ve q es o q requieres realmente hacer cosas en script y q cosas a codebehind si pones mas claro q necesitas exactamente sera mas facil ayudarte.