Bueno pues en realidad no es tanto por eso... dado que InnoDB bloquea las filas afectadas, pero MyISAM bloquea la tabla entera
InnoDB es un motor más complejo y completo que MyISAM, hace muchas comprobaciones que lo pueden hacer más lento, pero cuando se trata de la integridad de los datos a veces la velocidad se puede dejar un poco en segundo plano.
Igual muchos de los paquetes de software en PHP (Wordpress, por ejemplo) usan tablas MyISAM, así que tan malas no son....
Los artículos relacionados de la wikipedia son excelentes puntos de partida :)
Saludos.