Restringir acceso a zona (htaccess)

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Puedes intentarlo permitiendo el acceso mediante un fichero .htaccess ubicado en dicho directorio, pero no creo que funcione.
Como si funcionaría es prohibiendo el acceso a cada nivel desde su propio fichero .htaccess.
Es decir si tienes 3 niveles y quieres prohibir el acceso a dos de ellos, le pones la regla de prohibición únicamente en esos dos ficheros .htaccess.