Para comprender bien como afectan estas opciones debes conocer la estructura de un
b-tree (creo que en español son llamados árbol balanceados) que es la forma en que se almacenan los índices.
Checando la teoría relacionada con los b-tree, es de notar que al insertar puede ocurrir una bisección cuando el nodo está lleno. Puesto que el proceso de división de nodos puede resultar costoso, sería bueno que siempre hubiera espacio para poder insertar nuevos valores.
En el caso de los índices, cada nodo es el equivalente de un page. Y el fill factor afecta a los leaf pages, o sea las que "apuntan" a los datos. Por lo mismo, si se espera que se seguirán insertando datos en distintas páginas de los índices, para evitar una ralentización probable debido a una división de página, se establece un fill factor menor. Esto obviamente costará espacio en disco, ya que las páginas no estarán totalmente llenas.
Ahora bien, en el caso de una tabla donde casi no ocurren inserts, es mejor poner un fill factor mayor, de esta manera se reduce el espacio ocupado y por lo tanto el número de páginas que se tienen que leer para obtener los datos.
Como puedes ver, la decisión del valor dependen de el tipo de operaciones que se realizarán.
Pad index, es exactamente igual que el fill factor, pero aplica a los nodos intermedios en la estructura del b-tree.