Hola Bahamut2, bienvenido a los foros

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Pues no, los popups en todos los navegadores tienen el mismo tamaño... al menos si se definen los valores (width y hejght), pero para el espacio reservado al contenido del popup... supongo que no te refieres a el espacio de las barras de estado o del título u otras cosas de la presentación... y como ejemplo, prueba poner una imagen dentro de una página quitándo los márgenes, y verás que todos los navegadores mostrarán lo mismo...
Lo que si es cierto es que todos los navegadores usan sus propias medidas "por defecto" para los distintos elementos.
En resúmen, si a todos los elementos les pones los mismos estilos margin, padding, border, font... etc, posiblemente encuentres menos diferencias entre navegadores.
Saludos