Saludos..
La verdad creeria que no ya que al momento que guardas una tabla tipo innodb el te crea un archivo, con extension frm sino estoy mal y empieza a guardar toda tu informacion dentro del archivo ibdata1, al momento que lo cambias de tipo innodb a myISAM el seguira manejando toda la transaccionalidad dentro de ese mismo archivo y no creara los 3 archivo MYI MYD y FRM que se crean al momento de crear una tabla MyISAM.
De igual forma si pudiste realizar el cambio y te sigue funcionando correctamente la Base de datos, te agradeceria lo comentaras.
Hasta Pronto