Pues deberías usar transacciones entonces
Así, podés lograr que el select y el update se ejecuten como una sola consulta.
Podés
leer mi artículo al respecto o, si no te gusta que me haga autopromoción
podés buscar en tu buscador favorito: "transacciones con php" o similar.
Dependiendo de la lógica de tu aplicación, podría ser un problema que se arregle con un condicional puesto en el lugar adecuado, pero las transacciones son una buena costumbre
Saludos.