No se si esto solucionara mi problema pero te aseguro que en vano no ha sido tu
brillante explicación si no es ahora estoy seguro que en el futuro le dare buen uso.
El caso es no aun no comprendo por que si el indice estubiera fragmentado por que en sql 2000 funciona tan bien y en express tan mal. No obstante probare tu consejo aunque me va a suponer mucho trabajo pues tengo como 40 tablas y veo que hay que ir una a una recostruyecto indices.
Sobre la herramienta Database Engine Tuning Advisor me gustaria mas información si es posible creo que puede ser muy interesante si no para esta base de datos, que es pequeña, si para otras mas complejas.
Y lo dicho chapo por la explicación