En una variable char almacenas lo que vas leyendo de tu archivo y despues comparas
Código:
while([al leer el archivo no sea EOF]){//Lees caracter por caracter
if((x>='A' && x>= 'Z')||(x>='a' && x>= 'z'))//El caracter leido es una letra
{
//Escribes x en el archivo de letras
}
if(x>='0' && x>= '9')//El caracter leido es un numero
{
//Escribe x en el archivo de numeros
}
}
Tambien como menciona LeOnHe4Rt puedes hacerlo con el valor ascii
48 - 57 (ascii) -> del 0 al 9
65 - 90 (ascii) -> de A a Z
97 - 122 (ascii) -> de a a z
Tambien como dice a2a2, estan las funciones isdigit() y isalpha(). Al final tienes que leer cada uno de los caracteres de tu archivo y establecer cual es...