En mi opinión no tienes ninguna penalización, al contrario, google premio el cambio de diseño, por eso subistes posiciones. Tiempo después volvistes a bajar, es un buen cambio pero insuficiente.
Creo que para subir en unas Keywords tan competidas necesitas más enlaces. También me plantearía usar url amigables en los anuncios clasificados y el directorio inmobiliario.