Si el equipo es antiguo y va bien con el Win98 pues no veo porque tendría que pensar en cambiar, hasta donde recuerdo el Win98SE (Segunda Edición, en realidad la tercera) fue la version mas estable que haya tenido Windows
tienes que desactivar el protector de pantalla, el ahorro de energía de pantalla y disco duro, revisa que no tengas otra tarea programada en el administrador de tareas.