Si, puedes tener instalados los dos sin problemas.
De hecho yo tengo los dos aunque uso el Explorer casi solo para verificar que las nuevas páginas que voy haciendo las muestra como pretendo.
Quizá lo único un poco "especial" es que uno de ellos debe ser el navegador "predeterminado", utilizado por algunas aplicaciones que abren páginas web. Cada vez que instalas un navegador, si ve que hay otro, te "sugiere" que le pongas a él como predeterminado.
