Buscar similitudes entre imágenes

[Niko1980]

Se me ocurre algo que yo habia pensado para hacer OCR, luego nunca lo implemente.
Seria mas simple la comparacion entre dos imagenes, que adivinar lo que esta dibujado. Si pudieras tener el mismo cromosoma en varias posiciones y luego cuando encuentras uno, como dijiste que ya habias hecho esa parte, lo tomas en un recuadro y lo comparas contra el resto de las imagenes fijas en las distintas posiciones (cuantas mas posiciones mas exactitud).
Se me ocurre que los OCR deben hacer algo asi, obviamente con letras es mas facil, pero podrias hacer una aproximacion a eso.
Tambien se me ocurre que en tu caso es importante entender en que posicion esta la imagen para compararlas vertical, horizontal o cuantos grados de rotacion. Bueno espero que te sirva mi idea.. Saludos