Se puede poner todo al 100%, esa es la idea.
Yo mismo tengo sitios donde el contenido se adapta a la resolución de pantalla (bueno, en realidad es al ancho del navegador). Decía que era algo complejo porque siempre hay que tener en cuenta todo. Las de 800*600 ya no se usan tanto como hace dos o tres años (según estadísticas "mias", eran de un 80%), que era la inmensa mayoría. Ahora se ha pasado al 1024*768 y al 1280*1024, aunque, hay muchas más variaciones de resoluciones que en aquel entonces. Y por ese simple motivo, habría que hacer siempre un diseño líquido.
Como consejo aparte, pero casi que aún más importante, recomiendo trabajar con hojas de estilo.
