Claro quepuedes hacer lo que deseas, en realidad es bastante simple, pero necesitas trabajar con Servlets y JSP
Veras, con las paginas JSP puedes pintar datos y puedes solicitar datos para ser pasados a un Servlet. El Servlet es una clase Java que a su vez puede hacer llamado a otras clases Java, EJBs, etc, procesaro datos y poner una respuesta en el contexto de la JSP para que pueda ser pintado al usuario
Si buscas sobre el tema encontraras mucha informacion, por ultimo contactame, que aun que no puedo dedicar full tiempo a msn cuando pueda te respondere.