Hola:
El problema lo tienes aquí
Código:
while(entrada.readLine()!=null)
{
s=entrada.readLine();
System.out.println(s);
lineas++;
}
En el while lees una línea con entrada.readLine()!=null. Como no es null, lees otra línea en s=entrada.readLine(), que es la que escribes en pantall, "saltándote", la que leiste en el while. Una posible solución sería
Código:
s = entrada.readLine();
while (s != null)
{
System.out.println(s);
s = entrada.readLine();
}
Se bueno.